从4月1日被叫停开始，历经98天，圆明园防渗工程终于有了定论。国家环保总局副局长潘岳日前向新闻界通报，环保总局于7月5日组织各方专家对清华大学的环评报告书进行了认真审查，同意该报告书结论，要求圆明园东部湖底防渗工程必须进行全面整改。
环保总局对日前提交的环境影响报告书进行了认真的技术评估和审查，认为该报告书的结论是实事求是的。为防止生态系统的持续退化，在北京市水资源严重短缺、地下水不断下降的情况下，圆明园确有必要采取综合的节水与补水措施，以防止湖水的过度渗漏。
潘岳说，由于防渗工程是在重要的人文遗迹内实施，而且事先未进行环境影响评价，缺少对湖底防渗工程合理性的充分论证，没有对各湖体的地质条件和环境影响等进行深入研究，因而未能选择更加适宜的防渗方式，铺设防渗膜阻碍了天然地层中地下水的下渗过程。在有限水量补给条件下，容易在防渗膜上部的底泥中出现营养物质和盐分的积累，加大了水质恶化的风险。东部防渗工程的水体受总氮、总磷的影响较为显著，如不能保证适当的水体交换量，有可能导致湖水污染。
潘岳说，尽管防渗膜目前并未被证明有毒性，但天然防渗方法显然比铺设防渗膜符合生态要求。在湖底与湖岸边大面积铺设防渗膜虽然能够形成并维持较大的水域景观，能在短期内使水生生物得以恢复，但由于阻碍了水体交换和侧渗补给，将会对湖底和湖岸边的植物生长产生负面影响。同时，由于在工程建设过程中缺乏有效的保护措施，造成了水生生态系统的严重破坏。因此，该工程大面积铺设防渗膜是不科学的，也是不应提倡的，必须进行全面整改。
潘岳强调，整改措施需要结合当地的地质条件、节水要求和环境影响等多种因素，实事求是地考虑工程的短期影响和长期效果，统筹计算其环境、经济和社会成本。
第一，对圆明园东部尚未实施湖底防渗工程的区域，不再铺设防渗膜，全面采取天然黏土防渗。
第二，绮春园除入水口外，已铺的防渗膜应全部拆除，回填黏土和原湖底的底泥。湖岸边不能再铺设侧防渗膜。
第三，长春园湖底高于40.7米的区域要立即拆除防渗膜，回填黏土，湖岸边也不能再铺设侧防渗膜。
第四，对福海已经铺设的防渗膜进行全面改造。以沙石为主的回填区域，要去除掉表层的沙土，铺设上天然黏土，原湖底的淤泥土要全部回填。除码头周边10米区域外，其余区域的驳岸应拆除侧防渗膜以保证充分的侧渗补给。